公開ディレクトリは/var/www/htmlを前提とします。
クローンは/varで行います。
$ cd /var
$ git clone https://github.com/EC-CUBE/ec-cube.git
// /var/ec-cubeディレクトリが配置されます。
// /var/ec-cubeの中身をwwwディレクトリへコピーします。
$ cp -Rp ec-cube/. www
// インストール
$ cd /var/www
$ sh eccube_install.sh mysql
$ cd /var/ec-cube
$ git pull origin master
// 差分をコピー
$ git diff --name-only <コミットハッシュ> | xargs cp --parents --target-directory /var/www
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